Les Réseaux de centres d’excellence (RCE) sont conjointement administrés par les trois organismes qui subventionnent la recherche au Canada, soit les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) et le Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH), en partenariat avec Innovation, Sciences et Développement économique Canada (ISDE) et Santé Canada.
Le Comité de direction, qui se compose des trois présidents des organismes subventionnaires et des sous-ministres d’ISDE Canada et de Santé Canada, gère les RCE. Le président de la Fondation canadienne pour l'innovation (FCI) siège au comité à titre d'observateur.
Le Comité de direction est assisté par le Comité de gestion des RCE, auquel siègent un vice-président de chacun des trois organismes subventionnaires, un sous-ministre adjoint d’ISDE et de Santé Canada et le vice-président associé des RCE.
L'administration courante des centres et les réseaux des RCE est assurée par le Secrétariat des RCE. Le Secrétariat des RCE tient périodiquement des concours nationaux par l'intermédiaire desquels les candidats retenus sont sélectionnés sur l'avis d'un certain nombre de groupes d'experts et de comités de sélection.